Títulos nacionales

Club Deportivo Águila es considerado por los analistas deportivos como elMejor Equipo de Siglo XX en El Salvador,ya que en apenas cuatro décadas logró levantar 12 coronas de campeonatos nacionales, terminando con esa cantidad de campeonatos el siglo anterior, al igual que el equipo de CD FAS, pero la diferencia en el caso se da en que el equipo emplumado tardo menos tiempo en lograrlo (CD Águila lo consiguió en 41 años y el conjunto asociado tardo 54) siendo así el mejor en este récord histórico deportivo, además ha sido el único equipo que ha conquistado el bicampeonato en sus dos primeras temporadas en la Liga Mayor.

Es el segundo equipo que más campeonatos ha ganado en El Salvador, con un total de quince coronas en su haber:

Campeonato 1959: Conrado Miranda: Siendo el primer título del equipo al vencer a CD FAS en dos partidos de ida y vuelta 1-1 y 4-1 respectivamente, consiguiendo ser el primer club salvadoreño que recién ascendido al circuito mayor, logra ganar el campeonato.

Campeonato 1961: Carlos Padilla: En el siguiente torneo 1960-61 el equipo revalida el título a vencer nuevamente a CD FAS

Temporadas 1963-64 y 1964-65 : Víctor Manuel Ochoa: de la mano del "Pipe", el club logra un nuevo doblete para sus vitrinas y segundo de su historia al terminar en primer lugar, imponiéndose en la tabla a su más cercano perseguidor CD Juventud Olímpica en la temporada 1963- 1964 y de nueva cuenta a los tigrillos de CD FAS en la temporada 1964-1965 dándose un mayor auge a esa rivalidad deportiva.

Temporada 1967-68 : Zózimo Alves Calazães: Con el jugador brasileño, mundialista y campeón con la selección"verdeamarella" en la Copa Mundial de Fútbol de 1962 de Chile, levanta nuevamente el título dejando nuevamente a CD FAS con deseos de ganar.

Campeonato 1972: Juan Francisco Barraza: Con su memorable "Kínder de Barraza" logra brindarle un nuevo título a los emplumados venciendo a CD juventud Olímpica en la cuadrangular definitoria.

Temporadas 1975-76 y 1976-77:Conrado Miranda: Con el técnico salvadoreño de nuevo a la cabeza vencen en la serie definitiva al Alianza FC 3-1 en la temporada 1975-76 y a Once Municipal en la temporada 1976-77 por quedar en primer lugar de la liga, logrando un tercer doblete histórico para las vitrinas de la institución

Campeonato 1983: Juan Francisco Barraza: Una sequía de títulos se hacía presente hasta que el Catedrático de la Zurda regresó al nido y logro un nuevo título logrando el primer lugar y dejar como era ya costumbre a CD FAS en el segundo puesto

Temporada 1987-88: Hernán Carrasco Vivanco: Nuevamente el equipo se alza con un nuevo título nacional, donde tras imponerse en las cuatro vueltas de clasificación, finalizando las mismas con el mayor puntaje global. CD FAS termina nuevamente segundo, logrando así el equipo emplumado su décima corona nacional.

Torneo Apertura 1999: Con el DT argentino Hugo Norberto Coria rompen una sequía de 11 años sin levantar un título, al derrotar por primera vez bajo el nuevo formato de Torneos Cortos en la final disputada ante un repleto Estadio "Flor Blanca" al CD Municipal Limeño 1-0.

Torneo Apertura 2000: En dicho torneo se encuentran nuevamente en la final con el cuadro cuchero del Municipal Limeño al que vuelven a derrotar esta vez con un marcador de 3-2 y logrando su doceava corona, con el técnico argentino Hugo Coria siempre al frente.

Torneo Clausura 2001: De la mano del técnico uruguayo Saúl Rivero losnegronaranjas se coronan campeón por décimo tercera ocasión, en una final"novedosa" de dos partidos disputadas en el Estadio "Mágico" González, venciendo en la misma a los tigrillos deCD FAS 1-1 y 2-1 respectivamente.

Torneo Clausura 2006: Tras seis años de no alcanzar una nueva corona y a tres del "amargo recuerdo" para los emplumados en la final del Torneo Apertura 2003, que perdieron en los penaltis 5-3 ante CD FAS, el ex-jugador de origen serbio, nacionalizado salvadoreño Vladan Vicevic toma las riendas del equipo, y vuelven a encontrarse frente al cuadro asociado en la gran final, esto tras dejar en el camino al equipo de Isidro Metapán en las semifinales (3-1/4-0) respectivamente, donde tras 90 minutos de partido logran vencer, de manera contundente 4-2 a los santanecos.

En Torneo Clausura 2012: Con seis años de no ganar un título nacional (último, Clausura 2006), consigue romper esa sequía de títulos; Alcanzando primeramente las semifinales, en donde luego de vencer aCD Luis Ángel Firpo 4-0 y 1-2 respectivamente, obteniendo el boleto a la gran final final, en donde vence al A.D. Isidro Metapán con marcador de 2-1 en el Estadio Cuscatlán de la mano deVíctor Coreas, ganando así CD Águila su décimo quinto título.

Cabe destacar que el Club Deportivo Águila es el equipo más joven en pertenecer al máximo circuitosalvadoreño de los cuatro equipos considerados grandes de la Primera División de El Salvador.